Kilpirauhanen kuuluu hormonitoimintaan. Se vastaa monista kehon toiminnoista tuottaen ja erittäen kilpirauhashormoneja, ja säädellen joditasoja. Ne vaikuttavat sydämen toimintaan, perusaineenvaihduntaan, hengitykseen, keskushermostoon ja hormonaaliseen terveyteen, kuten normaalin tuotantotoiminnan säätely. Kilpirauhanen tuottaa kilpirauhashormoneja, T3 ja T4. T4 on passiivinen ja T3 pidetään aktiivisena (ajattele T4:ää kuin teepussia, sinun on lisättävä kuumaa vettä saadaksesi siitä kaiken irti.)
Osa T4:stä itse asiassa muuttuu aktiiviseksi T3:ksi suolistossa entsyymin, suoliston sulfataasin avulla, joka tulee hyödyllisistä mikrobeista. Jos suolisto on rikki (kutsutaan yleisesti dysbioosiksi), se voi vähentää ei-aktiivisen T4:n muuntumista aktiiviseksi T3:ksi.
Suoliston ja sen mikrobien tila voi myös vaikuttaa kilpirauhasen terveydelle välttämättömien hivenravinteiden, kuten jodin, raudan ja kuparin, imeytymiseen. Mikrobit pystyvät lisäämään raudan biologista hyötyosuutta suolistossa tuottamalla lyhytketjuisia rasvahappoja. Suoliston mikrobit säätelevät myös sitä, kuinka paljon jodia käytät ja kuinka se hajoaa ja kiertää kehossa. Jodi on välttämätöntä kilpirauhasen terveydelle. Tulehduksellinen suolistosairaus voi myös heikentää jodin imeytymistä. Lisäksi tutkimukset ovat osoittaneet, että niillä, joilla on kilpirauhasen vajaatoiminta, sappihappojen taso laski johtaen riittämättömään ruoansulatukseen. Myös ummetus vaikuttaa käyntiaikaan mikrobeilla.
Kun olemme stressaantuneita, tuotamme enemmän kortisolia (eli stressihormonia), mikä voi myös vähentää T3:n (aktiivisen kilpirauhashormonin) määrää. Stressiä on kaikenmuotoisia ja -kokoisia, havaittuja tai todellisia, mutta yksi lähde on suolisto. Suoliston tulehdus, joko dysbioosin, immuunivasteen tai maha-suolikanavan sairauden seurauksena, lisää verenkierrossa olevaa kortisolitasoa, mikä voi pitkittyessään vaikuttaa kielteisesti T3-arvoon.